В своей работе МГЭК руководствуется следующими стандартными операционными процедурами (СОП):
СОП_МГЭК_0 «Регламенты деятельности и документация Московского городского независимого этического комитета»


СОП_МГЭК_01 «Утверждение состава МГЭК»


СОП_МГЭК_02 «Порядок организации заседаний»


СОП_МГЭК_03 «Первичная этическая экспертиза»


СОП_МГЭК_04 «Повторная этическая экспертиза»


СОП_МГЭК_05 «Ускоренная этическая экспертиза»


СОП_МГЭК_06 «Рассмотрение уведомлений»


СОП_МГЭК_07 «Периодическая этическая экспертиза»


СОП_МГЭК_08 «Рассмотрение отчетности о безопасности»


СОП_МГЭК_09 «Рассмотрение итогового отчета»


СОП_МГЭК_10 «Требования к информационному листку пациента»